目前尚未纳入增值税发票管理新系统的发票主要有门票（选项A）、过路（过桥）费发票（选项C、E）、定额发票和客运发票。

选项D，重点税源和重大事项的纳税评估也可由上级税务机关负责。

选项A，纳税人必须严格按照《增值税专用发票使用规定》保管使用专用发票，根据《中华人民共和国发票管理办法》第三十六条，丢失发票或者擅自损毁发票的，由税务机关责令改正，可以处以1万元以下的罚款；情节严重的，处1万元以上3万元以下的罚款；有违法所得的予以没收。