本题考查增值税应纳税额的计算。

水路运输的程租、期租业务，属于交通运输服务中的水路运输服务，税率为9%；打捞属于现代服务，税率为6%。

依据题干数据，该公司6月应缴纳的增值税=1 090÷（1+9%）×9%+272.5÷（1+9%）×9%+173.31÷（1+6%）×6%-39=83.31（万元）。

因此，本题正确答案为选项A。

本题考查我国政府的直接债务和或有债务。

我国政府的或有隐性债务包括金融机构不良资产【选项B】、国有企业未弥补亏损【选项A】、对供销社系统及对农村合作基金会的援助【选项C】。

【选项D错误】乡镇财政债务属于我国政府的直接显性债务。

因此，本题正确答案为选项D。

本题考查纳税检查的概念、必要性及范围。

纳税检查的客体是纳税人【选项A】，同时包括代扣代缴义务人【选项B】、代收代缴义务人、纳税担保人【选项C】等。

因此，本题正确答案为选项D。

本题考查政府预算模式。

基数预算是指在安排预算年度收支时，以上年度或基期的收支为基数，综合考虑预算年度国家政策变化、财力增加额及支出实际需要量等因素，确定一个增减调整比例，以测算预算年度有关收支指标，并据以编制预算的方法。其基本公式可表示为：预算年度某项收支数额=上年度或基期该项收支的基数×（1±变化率%）。

因此，本题正确答案为选项B。