抵押权于2023年6月5日设立。根据规定，以正在建造的建筑物抵押的，应当办理抵押登记，抵押权自登记时设立。

孙某对乙公司的债务应当承担担保责任。根据规定，第三人单方以书面形式向债权人作出保证，债权人接收且未提出异议的，保证合同成立。

乙公司可以要求丁公司赔偿因推迟营业造成的损失。根据规定，当事人一方不履行合同义务或者履行合同义务不符合约定的，在履行义务或者采取补救措施后，对方还有其他损失的，应当赔偿损失。

丁公司可以乙公司已使用加油站为由，拒绝就质量瑕疵承担赔偿责任。根据规定，建设工程未经竣工验收，发包人擅自使用后，又以使用部分质量不符合约定为由主张权利的，人民法院不予支持；但是承包人应当在建设工程的合理使用寿命内对地基基础工程和主体结构质量承担民事责任。