本题考查增值税的税率与征收率。

农机零部件不属于农机的范围，不适用9%的低税率，应按13%的税率征收增值税。

【选项A、B、D错误】杂志、天然气、二甲醚均适用9%的低税率。

因此，本题正确答案为选项C。

本题考查增值税的计税依据。

纳税人采取以旧换新方式销售货物，按新货物的同期销售价格确定销售额，不得扣减旧货收购价格（金银首饰以旧换新除外，应以销售方实际收取的不含增值税价款征收增值税）。

依据题干数据，该日用百货商店当月的应纳税额=（80 000+30 000）÷（1+3%）×3%=3 203.88（元）。

因此，本题正确答案为选项B。

本题考查增值税的计税依据。 

纳税人发生视同销售服务、无形资产、不动产行为而无销售额的，主管税务机关有权按照下列顺序确定销售额。

①按照纳税人最近时期销售同类服务、无形资产、不动产的平均价格确定。

②按照其他纳税人最近时期销售同类服务、无形资产、不动产的平均价格确定。

③按照组成计税价格确定。组成计税价格的公式为：组成计税价格=成本×（1+成本利润率）

依据题干数据，甲公司当月该笔业务销项税额=成本×（1+成本利润率）×税率=100 000×（1+10%）×13%=14 300（元）。

因此，本题正确答案为选项C。

本题考查增值税的纳税人和扣缴义务人。

【选项D错误】转登记纳税人按规定再次登记为一般纳税人后，不得再转登记为小规模纳税人。

因此，本题正确答案为选项D。