本题考查契税。

土地使用权出让、出售，房屋买卖，计税依据为土地、房屋权属转移合同确定的成交价格，包括应交付的货币以及实物、其他经济利益对应的价款。契税应纳税额的计算公式为：应纳税额=计税依据×税率。

依据题干数据，该公司应缴纳的契税=3 500×3%=105（万元）。

因此，本题正确答案为选项B。

本题考查契税。

房屋所有权相互交换，双方交换价值相等，免纳契税，办理免征契税手续。其价值不相等的，按超出部分由支付差价方缴纳契税。所以由丁某交税。

因此，本题正确答案为选项D。

本题考查土地增值税。

土地增值税实行的是四级超率累进税率。

因此，本题正确答案为选项D。

本题考查契税。

【选项D错误】自2024年12月1日起，对个人购买家庭唯一住房（家庭成员范围包括购房人、配偶以及未成年子女），面积为140平方米及以下的，减按1%的税率征收契税；面积为140平方米以上的，减按1.5%的税率征收契税。

【选项E错误】个人首次购买90平方米以下改造安置住房，按1%的税率计征契税；购买超过90平方米，但符合普通住房标准的改造安置住房，按法定税率减半计征契税。

因此，本题正确答案为选项ABC。