本题考查契税。

土地使用权出让、出售，房屋买卖，计税依据为土地、房屋权属转移合同确定的成交价格，包括应交付的货币以及实物、其他经济利益对应的价款。契税应纳税额的计算公式为：应纳税额=计税依据×税率。

依据题干数据，该公司应缴纳的契税=3 500×3%=105（万元）。

因此，本题正确答案为选项B。

本题考查契税。

房屋所有权相互交换，双方交换价值相等，免纳契税，办理免征契税手续。其价值不相等的，按超出部分由支付差价方缴纳契税。所以由丁某交税。

因此，本题正确答案为选项D。

本题考查土地增值税。

【选项B错误】纳税人建造普通标准住宅出售，增值额未超过扣除项目金额之和20%的，免征土地增值税；增值额超过扣除项目金额之和20%的，应就其全部增值额按规定计税。

因此，本题正确答案为选项B。

本题考查土地增值税。

①土地增值税应税收入=10 000（万元）。

②取得土地使用权所支付的金额=1 000（万元）；

   房地产开发成本=3 000（万元）；

   财务费用中的利息支出，凡能够按转让房地产项目计算分摊并提供金融机构证明的，允许据实扣除，但最高不能超过按商业银行同类同期贷款利率计算的金额。其他房地产开发费用，在按照“取得土地使用权所支付的金额”与“房地产开发成本”金额之和的5%以内计算扣除。所以，房地产开发费用=500+（1 000+3 000）×5%=700（万元）；

   与转让房地产有关的税金=555（万元）；

   对从事房地产开发的纳税人可按“取得土地使用权所支付的金额”与“房地产开发成本”规定计算的金额之和，加计20%的扣除。所以，财政部规定的其他扣除项目=（1 000+3 000）×20%=800（万元）

   扣除项目金额=1000+3000+700+555+800=6055（万元）

③该公司转让房产中获得的增值额=10000-6055=3945（万元）

④增值率=3945÷6055×100%=65.15%。

⑤

确定土地增值税税率为40%，速算扣除系数为5%，应纳土地增值税税额=3945×40%-6055×5%=1275.25（万元）。

因此，本题正确答案为选项A。