本题考查契税。

【选项A、B正确】对于承受与房屋相关的附属设施所有权或土地使用权的行为，按照契税法律、法规的规定征收契税；对于不涉及土地使用权和房屋所有权转移变动的，不征收契税。

【选项C正确】采取分期付款方式购买房屋附属设施土地使用权、房屋所有权的，应按合同规定的总价款计征契税。

【选项D错误】承受的房屋附属设施权属单独计价的，按照当地确定的适用税率征收契税；与房屋统一计价的，适用与房屋相同的契税税率。

因此，本题正确答案为选项D。

本题考查契税。

土地使用权出让、出售，房屋买卖，计税依据为土地、房屋权属转移合同确定的成交价格，包括应交付的货币以及实物、其他经济利益对应的价款。契税应纳税额的计算公式为：应纳税额=计税依据×税率。

依据题干数据，该公司应缴纳的契税=3 500×3%=105（万元）。

因此，本题正确答案为选项B。

本题考查耕地占用税。

我国主要的耕地占用税税收优惠措施包括：

①占用耕地建设农田水利设施的，不缴纳耕地占用税。

②军事设施、学校、幼儿园、社会福利机构、医疗机构占用耕地，免征耕地占用税；【选项A、B、C、D】

③铁路线路、公路线路、飞机场跑道、停机坪、港口、航道、水利工程占用耕地，减按每平方米2元的税额征收耕地占用税。

④农村居民在规定用地标准以内占用耕地新建自用住宅，按照当地适用税额减半征收耕地占用税；其中农村居民经批准搬迁，新建自用住宅占用耕地不超过原宅基地面积的部分， 免征耕地占用税。

⑤农村烈士遗属、因公牺牲军人遗属、残疾军人以及符合农村最低生活保障条件的农村居民，在规定用地标准以内新建自用住宅，免征耕地占用税。

⑥纳税人因建设项目施工或者地质勘查临时占用耕地，应当依照规定缴纳耕地占用税。

因此，本题正确答案为选项ABCD。

本题考查契税。

【选项D错误】自2024年12月1日起，对个人购买家庭唯一住房（家庭成员范围包括购房人、配偶以及未成年子女），面积为140平方米及以下的，减按1%的税率征收契税；面积为140平方米以上的，减按1.5%的税率征收契税。

【选项E错误】个人首次购买90平方米以下改造安置住房，按1%的税率计征契税；购买超过90平方米，但符合普通住房标准的改造安置住房，按法定税率减半计征契税。

因此，本题正确答案为选项ABC。