本题考查契税。

【选项A错误】以自有房屋作股权投入本人独资经营企业，免纳契税。

【选项B错误】经房屋所有人同意，使用者可以通过变更租赁合同，办理过户手续，互换房屋使用权。所互换房屋的价值相等的不征收契税。

【选项C正确】买房拆料或翻建新房，应照章征收契税。

【选项D错误】房屋所有权相互交换，双方交换价值相等，免征契税，办理免征契税手续。

因此，本题正确答案为选项C。

本题考查土地增值税。

开发土地和新建房及配套设施的成本，是指纳税人房地产开发项目实际发生的成本，包括土地征用及拆迁补偿费、前期工程费【选项B】、建筑安装工程费【选项C】、基础设施费【选项A】、公共配套设施费【选项D】、开发间接费用。

因此，本题正确答案为选项ABCD。

本题考查土地增值税。

①土地增值税应税收入=10 000（万元）。

②取得土地使用权所支付的金额=1 000（万元）；

   房地产开发成本=3 000（万元）；

   财务费用中的利息支出，凡能够按转让房地产项目计算分摊并提供金融机构证明的，允许据实扣除，但最高不能超过按商业银行同类同期贷款利率计算的金额。其他房地产开发费用，在按照“取得土地使用权所支付的金额”与“房地产开发成本”金额之和的5%以内计算扣除。所以，房地产开发费用=500+（1 000+3 000）×5%=700（万元）；

   与转让房地产有关的税金=555（万元）；

   对从事房地产开发的纳税人可按“取得土地使用权所支付的金额”与“房地产开发成本”规定计算的金额之和，加计20%的扣除。所以，财政部规定的其他扣除项目=（1 000+3 000）×20%=800（万元）

   扣除项目金额=1000+3000+700+555+800=6055（万元）

③该公司转让房产中获得的增值额=10000-6055=3945（万元）

④增值率=3945÷6055×100%=65.15%。

⑤

确定土地增值税税率为40%，速算扣除系数为5%，应纳土地增值税税额=3945×40%-6055×5%=1275.25（万元）。

因此，本题正确答案为选项A。

本题考查耕地占用税。

耕地占用税的征收范围包括纳税人为建设建筑物、构筑物或从事其他非农业建设而占用的国家所有和集体所有的耕地。耕地指用于种植农业作物的土地，包括菜地【选项A】、园地。其中，园地包括花圃、苗圃【选项D】、茶园【选项B】、果园【选项C】、桑园和其他种植经济林木的土地。

因此，本题正确答案为选项ABCD。