本题考查土地增值税。
开发土地和新建房及配套设施的成本，是指纳税人房地产开发项目实际发生的成本，包括土地征用及拆迁补偿费、前期工程费【选项B】、建筑安装工程费【选项C】、基础设施费【选项A】、公共配套设施费【选项D】、开发间接费用。
因此，本题正确答案为选项ABCD。
本题考查契税。
契税以所有权发生转移的不动产为征税对象，向产权承受人征收的一种财产税。
因此，本题正确答案为选项A。
本题考查耕地占用税。
农村居民在规定用地标准以内占用耕地新建自用住宅，按照当地适用税额减半征收耕地占用税。 耕地占用税应纳税额的计算公式为：应纳税额=实际占用的耕地面积（平方米）×适用定额税率。
依据题干数据，该农民应纳耕地占用税=200×7×50%=700（元）。
因此，本题正确答案为选项B。
本题考查土地增值税。
该公司转让房产中获得的增值额=12 000-7 000=5 000（万元）。
增值率=5 000÷7 000≈71.43%
根据土地增值税四级超率累进税率（见下表），确定税率为40%，速算扣除系数为5%。
级数 | 增值额与扣除项目金额的比率 | 税率（%） | 速算扣除系数（%） |
1 | 未超过50%部分 | 30 | 0 |
2 | 超过50%、未超过100%的部分 | 40 | 5 |
3 | 超过100%、未超过200%的部分 | 50 | 15 |
4 | 超过200%的部分 | 60 | 35 |
则应纳土地增值税税额=5 000×40%-7 000×5%=1 650（万元）。
因此，本题正确答案为选项D。
本题考查耕地占用税。
农村居民在规定用地标准以内占用耕地新建自用住宅，按照当地适用税额减半征收耕地占用税；其中农村居民经批准搬迁，新建自用住宅占用耕地不超过原宅基地面积的部分，免征耕地占用税。村民李某2024年经批准搬迁，原住宅地120平方米恢复耕种，新建住宅110平方米，所以李某免征耕地占用税。因此，本题正确答案为选项A。
本题考查土地增值税。
【选项A错误】纳税人建造普通标准住宅出售，增值额未超过扣除项目金额20%的，免征土地增值税；增值额超过扣除项目金额之和20%的，应就其全部增值额按规定计税。普通标准住宅是指按所在地一般民用住宅标准建造的居住用住宅。高级公寓、别墅、度假村等不属于普通标准住宅。普通标准住宅与其他住宅的具体划分界限由各省、自治区、直辖市人民政府规定。
【选项C错误】企业按照公司法有关规定整体改制，包括非公司制企业改制为有限责任公司或股份有限公司，有限责任公司变更为股份有限公司，股份有限公司变更为有限责任公司，对改制前的企业将国有土地使用权、地上的建筑物及其附着物（以下称房地产）转移、变更到改制后的企业，暂不征收土地增值税。
因此，本题正确答案为选项BDE。
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