本题考查增值税的税率与征收率。

农机零部件不属于农机的范围，不适用9%的低税率，应按13%的税率征收增值税。

【选项A、B、D错误】杂志、天然气、二甲醚均适用9%的低税率。

因此，本题正确答案为选项C。

本题考查增值税的征税范围。

转让建筑物有限产权或者永久使用权的【选项C】，转让在建的建筑物或者构筑物所有权的【选项D】，以及在转让建筑物或者构筑物时一并转让其所占土地使用权的【选项E】，按照销售不动产缴纳增值税。

【选项A错误】纳税人通过省级土地行政主管部门设立的交易平台转让补充耕地指标，按照销售无形资产缴纳增值税，税率为6%。

【选项B错误】转让特许经营权属于销售无形资产。

因此，本题正确答案为选项CDE。

本题考查增值税应纳税额的计算。

一般纳税人选择简易办法计算缴纳增值税后，36个月内不得变更。

因此，本题正确答案为选项C。

本题考查增值税应纳税额的计算。

2023年9月22日至2027年12月31日前，对从事二手车经销的纳税人销售其收购的二手车，按照简易办法依3%征收率减按0.5%征收增值税。

依据题干数据，该二手车交易公司应缴纳的增值税=90÷（1+0.5%）×0.5%=0.45（万元）

因此，本题正确答案为选项D。