选项A，经营所得和居民个人的综合所得按年计征；选项C、D，属于按次计征。

选项D，国债利息收入属于企业的免税收入。

选项D，“按照利息、股息、红利所得”项目计征个人所得税。从2008年10月9日起，对储蓄存款利息所得暂免征收个人所得税。

（1）多缴税款可以退还。

纳税人超过应纳税额缴纳的税款，纳税人自结算缴纳税款之日起3年内发现的，可以向税务机关要求退还多缴的税款并加算银行同期存款利息，税务机关及时查实后应当立即退还。甲公司2022年的企业所得税是2023年5月20日缴纳的，截止到2024年6月2日未超过3年，因此，可以申请退还多缴税款。

（2）不能直接提起行政诉讼。此项行为属于征税行为，申请人对税务机关作出的征税行为不服的属于必经复议的情形，应当先向行政复议机关申请行政复议；对行政复议决定不服的，可以向人民法院提起行政诉讼。

（3）复议机关为A市税务局的上级税务机关。

应从2024年6月11日起60日内提出申请。

（4）复议机关应自受理之日60日内作出复议决定。但是法律规定的行政复议期限少于60日的除外。情况复杂，不能在规定期限内作出行政复议决定的，经行政复议机构的负责人批准，可以适当延长，并书面告知当事人；但是延长期限最多不得超过30日。