“多证合一”改革之外的其他组织，如事业单位（选项B）、社会组织（选项D）、境外非政府组织等，应当依法和税务总局规定向税务机关办理税务登记。

在“多证合一”改革之内的，领取加载统一社会信用代码证件的企业（选项A）、农民专业合作社（选项E）、个体工商户（选项C）及其他组织无须单独到税务机关办理该事项，其领取的证件作为税务登记证件使用。

综上所述，选项B、D当选。选项A、C、E不当选。

常用增值税普通发票主要有：增值税纸质普通发票、机动车销售统一发票、电子发票（普通发票）、收费公路通行费增值税电子普通发票、增值税普通发票（卷式）、增值税普通发票（折叠票）、门票（选项A）、过路（过桥）费发票、定额发票（选项E）、二手车销售统一发票（选项B）和印有本单位名称的增值税普通发票等。选项D，农产品销售发票也属于增值税普通发票。

纳税人在首次申请领用发票时，办理的主要涉税事项包括发票票种核定（选项A）、增值税专用发票（增值税税控系统）最高开票限额审批（选项B）、增值税税控系统专用设备初始发行（选项C）、发票领用（选项D）等涉税事项。选项E，属于后续申领发票办理的涉税事项。