（1）一般情况下承诺自通知到达要约人时生效，承诺生效时合同成立。本题中，乙企业的承诺在1月4日发出，而不是到达甲企业，选项A不当选；（2）受要约人在承诺期限内发出承诺，按照通常情形能够及时到达要约人，但因其他原因使承诺到达要约人时超过承诺期限的，为迟到承诺；除要约人及时通知受要约人因承诺超过期限不接受该承诺的以外，迟到的承诺为有效承诺。选项B不当选，选项C当选；（3）甲企业的要约确定了承诺期限，属于不可撤销的要约，甲企业1月8日的函件不能导致原要约的失效，选项D不当选。

（1）运输合同中的该条款不允许对方协商变更，属于格式条款。（2）提供格式条款的一方不合理地免除或者减轻其责任、加重对方责任、限制对方主要权利的，该条款无效。（3）格式条款的无效并不影响合同的效力，选项AD当选。