境外投资者所在国家（地区）将该项投资收益认定为权益性投资收益，且不征收企业所得税的，境内被投资企业向境外投资者支付的利息应视为股息，不得进行税前扣除。

（1）委托境内机构开展研发费用加计扣除基数＝100×80%＝80（万元）。

（2）委托境外机构的研发费用加计扣除限额1＝250×80%＝200（万元），限额2为不超过境内符合条件研发费用的2/3＝（178＋80）×2÷3＝172（万元），所以加计扣除基数为172万元。

（3）当年研发费用加计扣除金额＝（178＋80＋172）×100%＝430（万元）。

拖船按照发动机功率每千瓦折合净吨位0.67吨，拖船按相同净吨位船舶税率的50%计征税款。该拖船应缴纳船舶吨税＝3000×0.67×2.9×50%÷10000＝0.29（万元）。

适用特殊性税务处理的条件：

（1）具有合理的商业目的，且不以减少、免除或者推迟缴纳税款为主要目的；（选项D）

（2）被收购、合并或分立部分的资产或股权比例符合规定的比例（50%）；

（3）重组交易对价中涉及股权支付金额符合规定的比例（85%）；

（4）企业重组后的连续12个月内不改变重组资产原来的实质性经营活动；（选项B）

（5）企业重组中取得股权支付的原主要股东，在重组后连续12个月内，不得转让所取得的股权。（选项C）

综上所述，选项B、C、D当选。