本题考查环境保护税。

纳税人应当向应税污染物排放地的税务机关申报缴纳环境保护税。

因此，本题正确答案为选项B。

本题考查增值税应纳税额的计算。

水路运输的程租、期租业务，属于交通运输服务中的水路运输服务，税率为9%；打捞属于现代服务，税率为6%。

依据题干数据，该公司6月应缴纳的增值税=1 090÷（1+9%）×9%+272.5÷（1+9%）×9%+173.31÷（1+6%）×6%-39=83.31（万元）。

因此，本题正确答案为选项A。

本题考查环境保护税。

应税污染物的环境保护税计税依据按照下列方法确定：

（1）应税大气污染物按照污染物排放量折合的污染当量数确定。【选项A错误】

（2）应税水污染物按照污染物排放量折合的污染当量数确定。【选项B错误】

（3）应税固体废物按照固体废物的排放量确定。【选项C正确】

（4）应税噪声按照超过国家规定标准的分贝数确定。【选项D错误】

因此，本题正确答案为选项C。

本题考查烟叶税。

【选项A、B错误】烟叶税计税依据为纳税人收购烟叶实际支付的价款总额，包括纳税人支付给烟叶生产销售单位和个人的烟叶收购价款和价外补贴。价外补贴统一按烟叶收购价款的10%计算。依据题干数据，应纳税额=（88+88×10%）×20%=19.36（万元）。

【选项D错误】纳税人应当向烟叶收购地的主管税务机关申报缴纳烟叶税。

因此，本题正确答案为选项C。