本题考查增值税应纳税额的计算。

水路运输的程租、期租业务，属于交通运输服务中的水路运输服务，税率为9%；打捞属于现代服务，税率为6%。

依据题干数据，该公司6月应缴纳的增值税=1 090÷（1+9%）×9%+272.5÷（1+9%）×9%+173.31÷（1+6%）×6%-39=83.31（万元）。

因此，本题正确答案为选项A。

本题考查企业所得税税收优惠。

企业按《中华人民共和国残疾人保障法》规定安置残疾人员的，在按照支付给残疾职工工资据实扣除的基础上，可以在计算应纳税所得额时按照支付给残疾职工工资的100%加计扣除。

因此，本题正确答案为选项B。

本题考查账务调整的基本方法。

红字冲销法适用于会计科目用错，以及会计科目正确但核算金额错误的情况。一般情况下，在及时发现错误、没有影响后续核算的情况下多使用红字冲销法。

题干中账务处理属于会计科目运用正确，但金额错误，多记18 000元。应做的账务调整如下：

借：原材料            18 000

       贷：生产成本         18 000

因此，本题正确答案为选项A。

本题考查企业所得税的税率。

【选项D错误】至2030年12月31日，对设在西部地区的鼓励类产业企业减按15%的税率征收企业所得税。鼓励类产业企业是指以《西部地区鼓励类产业目录》中规定的产业项目为主营业务，且其主营业务收入占企业收入总额60%以上的企业。

因此，本题正确答案为选项D。