本题考查税收负担概述。

货物和劳务税税收负担率是指企业在一定时期内缴纳的货物和劳务税税额占同期销售收入或营业收入的比率。其计算公式为：货物和劳务税税收负担率＝企业在一定时期实际缴纳的货物和劳务税税额÷同期销售收入（营业收入）×100%。

依据题干数据，该企业当年货物和劳务税税收负担率＝（10＋15）÷1 000×100%＝2.50%。

因此，本题正确答案为选项A。

本题考查资源税。

对疏干排水中回收利用的部分和水源热泵取用水，从低确定税额。

【选项A错误】采油（气）排水经分离净化后在封闭管道回注的，免征水资源税。

【选项B错误】抽水蓄能发电取用水，免征水资源税。

【选项D错误】受县级以上人民政府及有关部门委托进行国土绿化、地下水回灌、河湖生态补水等生态取用水，免征水资源税。

因此，本题正确答案为选项C。

本题考查增值税应纳税额的计算。

除《中华人民共和国增值税暂行条例实施细则》第二十九条（即年应税销售额超过小规模纳税人标准的其他个人按小规模纳税人纳税的；非企业性单位、不经常发生应税行为的企业选择按小规模纳税人纳税的）规定外，纳税人销售额超过小规模纳税人标准，应当办理一般纳税人资格登记而未办理的，应按销售额和增值税税率计算应纳税额，不得抵扣进项税额，也不得使用增值税专用发票。餐饮服务属于生活服务，适用增值税税率6%。

依据题干数据，该纳税人应缴纳的增值税＝109.18÷（1＋6%）×6%＝6.18（万元）。

因此，本题正确答案为选项D。

本题考查分税制财政管理体制的基本问题。

分税制财政管理体制简称分税制，是指在明确划分中央和地方政府事权和支出范围的基础上，按照事权与财权、财力统一的原则，结合税种的特性，划分中央与地方的税收管理权限和税收收入，并辅以补助制的一种财政管理体制。

因此，本题正确答案为选项C。