本题考查环境保护税。

纳税人应当向应税污染物排放地的税务机关申报缴纳环境保护税。

因此，本题正确答案为选项B。

本题考查政府预算模式。

国有资本经营预算的分配主体是作为生产资料所有者代表的政府；它以国有资产的宏观经营并取得宏观经济效益为分配目的，以资产所有权为分配依据；其收支内容基本上是围绕着对经营性国有资产进行价值管理和分配形成的，因而国有资本经营预算属于经营型预算。

因此，本题正确答案为选项B。

本题考查增值税应纳税额的计算。

水路运输的程租、期租业务，属于交通运输服务中的水路运输服务，税率为9%；打捞属于现代服务，税率为6%。

依据题干数据，该公司6月应缴纳的增值税=1 090÷（1+9%）×9%+272.5÷（1+9%）×9%+173.31÷（1+6%）×6%-39=83.31（万元）。

因此，本题正确答案为选项A。

本题考查增值税的税率与征收率。

【选项D错误】纳税人销售或者进口食用盐，增值税税率为9%。

因此，本题正确答案为选项ABCE。