本题考查契税。

【选项A错误】以自有房屋作股权投入本人独资经营企业，免纳契税。

【选项B错误】经房屋所有人同意，使用者可以通过变更租赁合同，办理过户手续，互换房屋使用权。所互换房屋的价值相等的不征收契税。

【选项C正确】买房拆料或翻建新房，应照章征收契税。

【选项D错误】房屋所有权相互交换，双方交换价值相等，免征契税，办理免征契税手续。

因此，本题正确答案为选项C。

本题考查契税。

契税以所有权发生转移的不动产为征税对象，向产权承受人征收的一种财产税。

因此，本题正确答案为选项A。

本题考查耕地占用税。

农村居民在规定用地标准以内占用耕地新建自用住宅，按照当地适用税额减半征收耕地占用税。 耕地占用税应纳税额的计算公式为：应纳税额=实际占用的耕地面积（平方米）×适用定额税率。

依据题干数据，该农民应纳耕地占用税=200×7×50%=700（元）。

因此，本题正确答案为选项B。

本题考查土地增值税。

该公司转让房产中获得的增值额=12 000-7 000=5 000（万元）。

增值率=5 000÷7 000≈71.43%

根据土地增值税四级超率累进税率（见下表），确定税率为40%，速算扣除系数为5%。

则应纳土地增值税税额=5 000×40%-7 000×5%=1 650（万元）。

因此，本题正确答案为选项D。