本题考查契税。

【选项A错误】以自有房屋作股权投入本人独资经营企业，免纳契税。

【选项B错误】经房屋所有人同意，使用者可以通过变更租赁合同，办理过户手续，互换房屋使用权。所互换房屋的价值相等的不征收契税。

【选项C正确】买房拆料或翻建新房，应照章征收契税。

【选项D错误】房屋所有权相互交换，双方交换价值相等，免征契税，办理免征契税手续。

因此，本题正确答案为选项C。

本题考查契税。

土地使用权出让、出售，房屋买卖，计税依据为土地、房屋权属转移合同确定的成交价格，包括应交付的货币以及实物、其他经济利益对应的价款。契税应纳税额的计算公式为：应纳税额=计税依据×税率。

依据题干数据，该公司应缴纳的契税=3 500×3%=105（万元）。

因此，本题正确答案为选项B。

本题考查契税。

【选项A、D错误】土地使用权出让、出售，房屋买卖，为土地、房屋权属转移合同确定的成交价格，包括应交付的货币以及实物、其他经济利益对应的价款。

【选项B正确】土地使用权赠与、房屋赠与以及其他没有价格的转移土地、房屋权属行为，为税务机关参照土地使用权出售、房屋买卖的市场价格依法核定的价格

【选项C错误】土地使用权互换、房屋互换，为所互换的土地使用权、房屋价格的差额。

因此，本题正确答案为选项B。

本题考查土地增值税。

【选项B错误】纳税人建造普通标准住宅出售，增值额未超过扣除项目金额之和20%的，免征土地增值税；增值额超过扣除项目金额之和20%的，应就其全部增值额按规定计税。

因此，本题正确答案为选项B。