除企业（选项A、E）、农民专业合作社（选项B）、外国企业常驻代表机构（选项C）外，其他主体税务登记按照原有法律制度执行，即其他机关（编办、民政、司法等）批准设立的主体暂不纳入“五证合一、一照一码”办理范围。

纳税人在首次申请领用发票时，办理的主要涉税事项包括发票票种核定（选项A）、增值税专用发票（增值税税控系统）最高开票限额审批（选项B）、增值税税控系统专用设备初始发行（选项C）、发票领用（选项D）等涉税事项。选项E，属于后续申领发票办理的涉税事项。

除机动车销售统一发票、农产品销售发票（选项A）、通行费发票（选项D）、收费公路通行费增值税电子普通发票，以及国内旅客运输服务的增值税电子普通发票、航空运输电子客票行程单（选项B）、电子发票（铁路电子客票）和公路、水路等其他客票、农产品收购发票（选项E）外，增值税普通发票不能作为抵扣增值税进项税额的凭证。

一般纳税人有下列情形之一的，不得领用开具增值税专用发票：

（1）会计核算不健全，不能向税务机关准确提供增值税销项税额、进项税额、应纳税额数据及其他有关增值税税务资料的。

（2）有《税收征管法》规定的税收违法行为，拒不接受税务机关处理的。

（3）有下列行为之一，经税务机关责令限期改正而仍未改正：

①虚开增值税专用发票；（选项B）

②私自印制专用发票；

③向税务机关以外的单位和个人买取专用发票；（选项C）

④借用他人专用发票；（选项E）

⑤未按规定开具专用发票；

⑥未按规定保管专用发票和专用设备；

⑦未按规定申请办理防伪税控系统变更发行；

⑧未按规定接受税务机关检查。（选项D）

综上所述，选项B、C、D、E当选。选项A不当选。