常用增值税普通发票主要有：增值税纸质普通发票、机动车销售统一发票、电子发票（普通发票）、收费公路通行费增值税电子普通发票、增值税普通发票（卷式）、增值税普通发票（折叠票）、门票（选项A）、过路（过桥）费发票、定额发票（选项E）、二手车销售统一发票（选项B）和印有本单位名称的增值税普通发票等。选项D，农产品销售发票也属于增值税普通发票。

选项D，由税务机关处1万元以上5万元以下罚款，情节严重的，处5万元以上50万元以下的罚款，有违法所得的予以没收；选项E，由税务机关没收违法所得，没收、销毁作案工具和非法物品，并处1万元以上5万元以下的罚款。情节严重的，并处5万元以上50万元以下的罚款。