纳税人应当进行土地增值税清算的情形：

（1）房地产开发项目全部竣工、完成销售的；（选项Ａ）

（2）整体转让未竣工决算房地产开发项目的；（选项Ｃ）

（3）直接转让土地使用权的。（选项Ｄ）

综上所述，选项B、E为主管税务机关可要求纳税人进行土地增值税清算的情形，不当选。

选项A、B，建成后转为自用或用于出租的，其成本、费用不可以扣除。

（1）在土地增值税清算时未转让的房地产，清算后销售或有偿转让的，纳税人应按规定进行土地增值税的纳税申报，扣除项目金额＝清算时的单位建筑面积成本费用×销售或转让面积。

（2）单位建筑面积成本费用＝清算时的扣除项目总金额÷清算的总建筑面积＝53580÷（80000×85%）＝0.79（万元）。

（3）出售10%对应的扣除项目金额＝80000×10%×0.79＝6320（万元）。