选项A、B，居民企业取得禁止出口和限制出口技术转让所得，不享受技术转让减免企业所得税优惠政策；选项E，居民企业从直接或间接持有股权之和达到100%的关联方取得的技术转让所得，不享受技术转让减免企业所得税优惠政策。综上选项C、D当选。

居民企业技术转让所得不超过500万元的部分，免征企业所得税；超过500万元的部分，减半征收企业所得税，该企业技术转让所得应调减应纳税所得额为500＋（900－200－500）×50％＝600（万元），应纳税额＝（3000－400－1800－600）×25%＝50（万元）。

（1）企业委托外部机构或个人进行研发活动所发生的费用，按照费用实际发生额的80%计入委托方研发费用并计算加计扣除。因此甲公司第一、二阶段研发费用加计扣除计算基数＝（50＋500）×80%＝440（万元）。

（2）企业委托境外进行研发活动所发生的费用，按照费用实际发生额的80%计入委托方的委托境外研发费用。委托境外研发费用不超过境内符合条件的研发费用2/3的部分，可以按规定在企业所得税税前加计扣除，委托境外进行研发活动不包括委托境外个人进行的研发活动。委托境外研发费用的80%＝1000×80%＝800（万元），境内符合条件的研发费用的2/3＝440×2÷3＝293.33（万元）。因此甲公司第三、四阶段研发费用加计扣除计算基数293.33（万元）。

（3）甲公司2025年加计扣除计算基数＝440＋293.33＝733.33（万元）。