选项A，地方政府债券利息收入，属于免税收入；选项B，逾期未退包装物押金收入，应作为应税收入缴纳企业所得税；选项C，企业转让国债，应作为转让财产，其取得的收益（损失）应作为企业应纳税所得额计算纳税；选项D，县级以上人民政府将国有资产无偿划入企业，凡指定专门用途并按规定进行管理的，企业可作为不征税收入进行企业所得税处理。综上所述，选项A当选。

收入总额中的下列收入为不征税收入：

（1）财政拨款，是指各级人民政府对纳入预算管理的事业单位、社会团体等组织拨付的财政资金；

（2）依法收取并纳入财政管理的行政事业性收费、政府性基金；（选项B）

（3）国务院规定的其他不征税收入——专项用途财政性资金；

（4）对社保基金取得的直接股权投资收益、股权投资基金收益；

选项A，企业取得的国债利息收入，属于免税收入；选项C，企业收到的出口退税款不属于企业收入总额的一部分，在会计上应冲减相关税费科目，在税务上不计入应纳税所得额；选项D，企业收到地方政府未规定专项用途的税收返还款收入一般确认为应税收入；综上所述，选项B当选。

（1）职工福利费实际发生35万元，扣除限额＝200×14%＝28（万元），应调增所得额7万元；

（2）工会经费实际发生3.5万元，扣除限额＝200×2%＝4（万元），可以全额扣除；

（3）职工教育经费：软件企业发生的职工培训费用4万元可以全额扣除；职工教育经费实际发生额为8－4＝4（万元），职工教育经费扣除限额＝200×8%＝16（万元），不需要调整；

（4）补充养老保险实际发生12万元，扣除限额＝200×5%＝10（万元），应调增所得额2万元；

（5）补充医疗保险实际发生8万元，扣除限额＝200×5%＝10（万元），不需要调整。

综上所述，应调增所得额为9万元，选项B当选。