选项D，自2020年2月1日起，小规模纳税人（其他个人除外）发生增值税应税行为，可以自愿使用增值税发票管理系统自行开具增值税专用发票，对于选择自行开具增值税专用发票的小规模纳税人，也可以按规定领用增值税专用发票。

常用增值税普通发票主要有：增值税纸质普通发票、机动车销售统一发票、电子发票（普通发票）、收费公路通行费增值税电子普通发票、增值税普通发票（卷式）、增值税普通发票（折叠票）、门票（选项A）、过路（过桥）费发票、定额发票（选项E）、二手车销售统一发票（选项B）和印有本单位名称的增值税普通发票等。选项D，农产品销售发票也属于增值税普通发票。

选项A，开具发票的单位和个人应当按照国家有关规定存放和保管发票，不得擅自损毁。已经开具的发票存根联，应当保存5年。