运输合同的计税依据为取得的运费收入，不包括所运货物的金额、装卸费和保险费等；由外国运输企业运输进出口货物的，运输企业所持的运费结算凭证免纳印花税，托运方所持的运费结算凭证，以运费金额为计税依据缴纳印花税。所以乙公司免交印花税， 甲公司应缴纳印花税＝25×10000×0.3‰＝75（元）。

选项A，运输合同的计税依据为取得的运输费金额（即运费收入），不包括所运货物的金额、装卸费和保险费等；

选项D，建设工程合同的计税依据为承包金额，不得剔除任何费用。如果施工单位将自己承包的建设项目再分包或转包给其他施工单位，其所签订的分包或转包合同，仍应按所载金额另行贴花；

选项E，对于由定做人提供主要材料或原料，承揽人只提供辅助材料的加工合同，无论加工费和辅助材料金额是否分别记载，均以辅助材料与加工费的合计数，依照承揽合同计税贴花。对定做人提供的主要材料或原料金额不计税贴花。