纳税人转让存量房可以扣除的项目有：

（1）纳税人转让旧房及建筑物，凡不能取得评估价格，但能提供购房发票的，经当地税务部门确认，取得土地使用权所支付的金额、旧房及建筑物的评估价格，可按发票所载金额并从购买年度起至转让年度止每年加计5%计算扣除。计算扣除项目时“每年”按购房发票所载日期起至售房发票开具之日止，每满12个月计一年；超过一年，未满12个月但超过6个月的，可以视同为一年。

（2）取得土地使用权所支付的地价款或出让金和按国家统一规定缴纳的有关费用。

（3）转让环节缴纳的税金（城建税、教育费附加、地方教育费附加、印花税），此题不考虑。

计算土地增值税时扣除项目金额合计＝500×（1＋5%×4）＋12＋3＝615（万元）。

环境保护税采用“企业申报、税务征收、环保协同、信息共享”的征管方式。

（1）企业申报：纳税人应当依法如实办理纳税申报，对申报的真实性和完整性承担责任；（选项A）

（2）税务征收：税务机关依照《中华人民共和国税收征收管理法》和环境保护税法的有关规定征收管理；（选项C）

（3）环保协同：环境保护主管部门依照《环境保护税法》和有关环境保护法律法规的规定对污染物监测管理。县级以上地方人民政府应当建立税务机关、环境保护主管部门和其他相关单位分工协作工作机制；（选项B）

（4）信息共享：环境保护主管部门和税务机关应当建立涉税信息共享平台和工作配合机制，定期交换有关纳税信息资料。（选项E）

综上所述，选项A、B、C、E表述正确，当选。选项D表述不正确，不当选。

选项C，土地承包经营权和土地经营权的转移不属于契税的征税范围。