选项A，应税大气污染物的污染当量数，以该污染物的排放量除以该污染物的污染当量值计算；选项B，每一排放口或者没有排放口的应税大气污染物，按照污染当量数从大到小排序，对前三项污染物征收环境保护税；选项E，每一排放口的应税水污染物，区分第一类水污染物和其他类水污染物，按照污染当量数从大到小排序，对第一类水污染物按照前五项征收环境保护税，对其他类水污染物按照前三项征收环境保护税。

土地增值税的核定征收条件：

（1）依照法律、行政法规的规定应当设置但未设置账簿的；（选项A）

（2）擅自销毁账簿或者拒不提供纳税资料的；（选项B）

（3）虽设置账簿，但账目混乱或者成本资料、收入凭证、费用凭证残缺不全，难以确定转让收入或扣除项目金额的；（选项C）

（4）符合土地增值税清算条件，未按照规定的期限办理清算手续，经税务机关责令限期清算，逾期仍不清算的；（选项E）

（5）申报的计税依据明显偏低，又无正当理由的。

综上所述，选项A、B、C、E属于土地增值税的核定征收条件，当选。选项D不属于土地增值税的核定征收条件，不当选。

采用以物易物方式进行商品交易签订的合同，应按合同所载的购销合计数作为计税依据。转让土地使用权和转让不动产应按产权转移书据进行贴花，该房地产开发公司应缴纳印花税＝（2000＋2500）×0.5‰＝2.25（万元）。

下列情形免征契税：

（1）国家机关、事业单位、社会团体、军事单位承受土地、房屋权属用于办公、教学、医疗、科研、军事设施；

（2）非营利性的学校、医疗机构、社会福利机构承受土地、房屋权属用于办公、教学、医疗、科研、养老、救助；（选项D）

（3）承受荒山、荒地、荒滩土地使用权用于农、林、牧、渔业生产；（选项C）

（4）婚姻关系存续期间夫妻之间变更土地、房屋权属；

（5）法定继承人通过继承承受土地、房屋权属。（选项A）

综上所述，选项B应当缴纳契税，当选。