选项A、D，房地产开发企业转让房地产时，与转让房地产有关的税金不包括增值税、印花税。选项B，取得土地使用权时缴纳的契税在取得土地使用权的金额中扣除。

纳税人转让存量房可以扣除的项目有：

（1）纳税人转让旧房及建筑物，凡不能取得评估价格，但能提供购房发票的，经当地税务部门确认，取得土地使用权所支付的金额、旧房及建筑物的评估价格，可按发票所载金额并从购买年度起至转让年度止每年加计5%计算扣除。计算扣除项目时“每年”按购房发票所载日期起至售房发票开具之日止，每满12个月计一年；超过一年，未满12个月但超过6个月的，可以视同为一年。

（2）取得土地使用权所支付的地价款或出让金和按国家统一规定缴纳的有关费用。

（3）转让环节缴纳的税金（城建税、教育费附加、地方教育费附加、印花税），此题不考虑。

计算土地增值税时扣除项目金额合计＝500×（1＋5%×4）＋12＋3＝615（万元）。

纳税人有下列情形之一的，以其当期应税大气污染物、水污染物的产生量作为污染物的排放量：

（1）未依法安装使用污染物自动监测设备或者未将污染物自动监测设备与环境保护主管部门的监控设备联网；（选项A）

（2）损毁或者擅自移动、改变污染物自动监测设备；（选项B）

（3）篡改、伪造污染物监测数据；（选项C）

（4）通过暗管、渗井、渗坑、灌注或者稀释排放以及不正常运行防治污染设施等方式违法排放应税污染物；

（5）进行虚假纳税申报。（选项D）

选项E，因排放污染物种类多等原因不具备监测条件的，按照国务院环境保护主管部门规定的排污系数、物料衡算方法计算大气污染物、水污染物、固体废物的排放量和噪声的分贝数。

综上所述，选项A、B、C、D当选。选项E不当选。