选项D，房地产开发企业转让其开发的商品房应缴纳的土地增值税，应借记“税金及附加”科目，贷记“应交税费——应交土地增值税”科目。

选项B、D、E，“税金及附加”科目，该科目核算企业经营活动发生的消费税、城市维护建设税、资源税、教育费附加及房产税、城镇土地使用税、车船税、印花税等相关税费。选项A，个人所得税是记入“应付职工薪酬”科目核算；选项C，土地增值税要分房地产开发企业和非房地产开发企业，房地产开发企业将土地增值税记入“税金及附加”科目核算，非房地产开发企业将土地增值税记入“固定资产清理”科目核算，本题为制造业企业，发生的土地增值税应记入“固定资产清理”科目。

企业销售的在“固定资产”等科目核算的土地使用权及地上建筑物，计算应缴纳的城市维护建设税：

借：固定资产清理

　贷：应交税费——应交城市维护建设税

综上所述，选项A当选。