领取加载统一社会信用代码证的企业（选项A、D）、农民专业合作社（选项B）、个体工商户及其他组织无须单独到税务机关办理税务登记，其领取的证件作为税务登记证件使用。

“多证合一”改革以外的其他组织，如事业单位（选项C）、社会组织、境外非政府组织等，应当依法和税务总局规定向税务机关办理税务登记。

选项D，自2020年2月1日起，小规模纳税人（其他个人除外）发生增值税应税行为，可以自愿使用增值税发票管理系统自行开具增值税专用发票，对于选择自行开具增值税专用发票的小规模纳税人，也可以按规定领用增值税专用发票。

重大税收违法失信主体是指有下列情形之一的纳税人、扣缴义务人或者其他涉税当事人：

（1）伪造、变造、隐匿、擅自销毁账簿、记账凭证，或者在账簿上多列支出或者不列、少列收入，或者经税务机关通知申报而拒不申报或者进行虚假的纳税申报，不缴或者少缴应纳税款100万元以上，且任一年度不缴或者少缴应纳税款占当年各税种应纳税总额10%以上的，或者采取前述手段，不缴或者少缴已扣、已收税款，数额在100万元以上的；（选项B）

（2）欠缴应纳税款，采取转移或者隐匿财产的手段，妨碍税务机关追缴欠缴的税款，欠缴税款金额100万元以上的；

（3）骗取国家出口退税款的；（选项C）

（4）以暴力、威胁方法拒不缴纳税款的；（选项E）

（5）虚开增值税专用发票或者虚开用于骗取出口退税、抵扣税款的其他发票的；

（6）虚开增值税普通发票100份以上或者金额400万元以上的；

（7）私自印制、伪造、变造发票，非法制造发票防伪专用品，伪造发票监制章的；

（8）具有偷税、逃避追缴欠税、骗取出口退税、抗税、虚开发票等行为，在稽查案件执行完毕前，不履行税收义务并脱离税务机关监管，经税务机关检查确认走逃（失联）的；

（9）为纳税人、扣缴义务人非法提供银行账户、发票、证明或者其他方便，导致未缴、少缴税款100万元以上或者骗取国家出口退税款的；

（10）税务代理人违反税收法律、行政法规造成纳税人未缴或者少缴税款100万元以上的；

（11）其他性质恶劣、情节严重、社会危害性较大的税收违法行为。

综上所述，选项B、C、E属于重大税收违法失信主体，当选。选项A、D不属于重大税收违法失信主体，不当选。