城市维护建设税、教育费附加和地方教育附加均适用“进口不征，出口不退”原则，5月已核准的增值税免抵税额，应在下一申报期计入城市维护建设税、教育费附加和地方教育附加的计税依据。该企业2025年6月应缴纳城市维护建设税、教育费附加、地方教育附加合计=（50+8）×（7%+3%+2%）=6.96（万元）。

城市维护建设税和教育费附加的计税依据，是指纳税人依法实际缴纳的增值税、消费税税额，选项A不当选。纳税人因违反“两税”有关规定被加收的滞纳金和罚款，是税务机关对纳税人违法行为的经济制裁，不作为城市维护建设税和教育费附加的计税依据，选项B、C不当选。

在中华人民共和国境内缴纳增值税、消费税的单位和个人，为教育费附加的纳税义务人，选项A不当选。

城市维护建设税有三档地区差别比例税率，分别为7%、5%、1%，选项A当选。教育费附加和地方教育附加的征收率不同，分别为3%和2%，选项B当选。行政区划变更的，自变更完成当月起适用新行政区划对应的适用税率，选项C不当选。城市维护建设税、教育费附加和地方教育附加属于“附加税费”，纳税义务发生时间与主税增值税、消费税纳税义务发生时间一致，分别在缴纳增值税、消费税的同一地点、同一期限内，一并缴纳。根据增值税、消费税纳税期限的规定，有以10日、15日、1个月、1个季度等为纳税期限的规定，选项D当选。