本题考查增值税应纳税额的计算。

【选项AE正确】非正常损失的购进货物，以及相关的加工修理修配劳务和交通运输服务，其进项税额不得从销项税额中抵扣。非正常损失，是指因管理不善造成被盗、丢失、霉烂变质的损失以及因违反法律法规造成货物或者不动产被依法没收、销毁、拆除等情形。

【选项B正确】纳税人购进货物、服务、无形资产、不动产，用于不得抵扣非应税交易，对应的进项税额不得从销项税额中抵扣。

【选项C正确】用于简易计税方法计税项目、免征增值税项目、集体福利或者个人消费的购进货物、服务、无形资产和不动产，其进项税额不得从销项税额中抵扣。

【选项D错误】委托加工产品收回后增值税专用发票注明的增值税税额可以抵扣进项税额。

因此，本题正确答案为选项ABCE。

本题考查税收优惠。

自2026年1月1日至2027年12月31日，对从事二手车经销的纳税人销售其收购的二手车，按照简易办法依3%征收率减按0.5%征收增值税。

依据题干数据，该二手车交易公司应缴纳的增值税=90÷（1+0.5%）×0.5%=0.45（万元）

因此，本题正确答案为选项D。

本题考查增值税的征税范围。

根据《中华人民共和国增值税法》规定有下列情形之一的，不属于应税交易，不征收增值税。

①员工为受雇单位或者雇主提供取得工资、薪金的服务。【选项A】

②收取行政事业性收费、政府性基金。【选项BC】

③依照法律规定被征收、征用而取得补偿。【选项D】

④取得存款利息收入。

因此，本题正确答案为选项ABCD。

本题考查增值税的概念与特点。

【选项A错误】虽然增值税是向纳税人征收的，但纳税人在销售商品或者提供服务时又通过价格将税收负担转嫁给下一生产流通环节，因此，税收负担由最终消费者承担。

【选项C错误】增值税实行比例税率。

因此，本题正确答案为选项ADE。