企业计提的各种准备金不得扣除，选项D当选。

转让方取得与股权转让相关的各种款项，包括违约金、补偿金以及其他名目的款项、资产、权益等，均应当并入股权转让收入，选项Ａ不当选；主管税务机关应依次按照净资产核定法、类比法、其他合理方法核定股权转让收入，选项Ｃ不当选；个人转让以现金出资方式取得的股权，按照实际支付的价款与取得股权直接相关的合理税费之和确认股权原值，选项Ｄ不当选。

选项A，个体工商户业主本人缴纳的补充养老保险、补充医疗保险，以当地（地级市）上年度社会平均工资的3倍为计算基数，分别在不超过该计算基数5%标准内的部分据实扣除；超过部分，不得扣除。选项B，应分别核算生产经营费用、个人家庭费用，难以分清的，40%视为生产经营费用准予扣除。选项C，公益性捐赠，不超过其应纳税所得额30%的部分可以据实扣除。