选项A，直接向环境排放应税污染物的企业事业单位和其他生产经营者为环境保护税的纳税人。政府机关、家庭和个人即便有排放污染物的行为，因其不属于企业事业单位和其他生产经营者，不属于环境保护税的纳税人。另外，规模化养殖，畜禽需达到鸡鸭5000羽、牛50头、猪500头，需要缴纳环境保护税。选项B，对农业生产（不包括规模化养殖）排放应税污染物的暂免征税。60头牛属于规模化养殖，应缴纳环境保护税。选项C，对机动车、铁路机车、非道路移动机械、船舶和航空器等流动污染源排放应税污染物的暂免征税。选项D，企业向依法设立的城乡污水集中处理中心排放应税污染物，不属于直接向环境排放应税污染物，不需缴纳环境保护税。

增值税销项税额＝5000÷（1＋9%）×9%＝412.84（万元）。与转让不动产相关的城市维护建设税和教育费附加＝（412.84－3000×9%）×（7%＋3%）＝14.28（万元）。

水资源税的纳税义务发生时间为取用水资源的当日，选项A不当选；除跨省（自治区、直辖市）水力发电取用水外，纳税人应当向取水口所在地的税务机关申报缴纳水资源税，选项B不当选；纳税人取用水工程管理单位配置、调度水资源，其纳税地点为接入水工程管理单位的取水口所在地，选项D不当选。