选项B，适用增值税既免税又退税政策，采用免抵退方法计算退税；选项C，适用增值税既免税又退税政策，采用免退方法计算退税。
适用最惠国税率的货物包括：（1）原产于共同适用最惠国待遇条款的世界贸易组织成员的进口货物；（2）原产于与中华人民共和国缔结或者共同参加含有相互给予最惠国待遇条款的国际条约、协定的国家或者地区的进口货物；（3）原产于中华人民共和国境内的进口货物。
车辆购置税属于中央税，选项D不正确。
经营免税商品的企业，一般按经营免税商品业务年销售收入的1%上缴免税商品特许经营费。免税商品特许经营费＝6200×1%＝62（万元）。
纳税人销售不动产取得的全部计税收入＝54000÷90%＝60000（万元）；
增值税销项税额＝（60000－18000）÷（1＋9%）×9%＝3467.89（万元）；
不含增值税的销售收入＝60000－3467.89＝56532.11（万元）。
契税＝18000×3%＝540（万元）；
取得土地时支付的价款＝18000÷（1＋9%）＋540＋10＝17063.76（万元）。
开发成本＝16000－1500－600＝13900（万元）；
开发费用＝（5000＋1500）＋（17063.76＋13900）×5%＝8048.19（万元）。
转让地产过程中缴纳的税金＝（3467.89－2167.89）×（5%＋3%）＝104（万元）。
法定附加扣除＝（17063.76＋13900）×20%＝6192.75（万元）。
扣除总额＝17063.76＋13900＋8048.19＋104＋6192.75＝45308.7（万元）。
增值额＝56532.11－45308.7＝11223.41（万元）。
增值率＝11223.41÷45308.7×100%＝24.77%＜50%，税率为30%。
转让地产项目应缴纳的土地增值税＝11223.41×30%＝3367.02（万元）。
转让地产项目应补缴的土地增值税＝3367.02－1080＝2287.02（万元）。
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