有下列情形之一的，免征或者减征水资源税：
（1）规定限额内的农业生产取用水，免征水资源税，选项A当选；
（2）除接入城镇公共供水管网以外，军队、武警部队、国家综合性消防救援队伍通过其他方式取用水的，免征水资源税；
（3）抽水蓄能发电取用水，免征水资源税，选项C当选；
（4）采油（气）排水经分离净化后在封闭管道回注的，免征水资源税，选项D当选；
（5）受县级以上人民政府及有关部门委托进行国土绿化、地下水回灌、河湖生态补水等生态取用水，免征水资源税，选项E当选；
（6）工业用水前一年度用水效率达到国家用水定额先进值的纳税人，减征本年度20%水资源税；
（7）财政部、税务总局规定的其他免征或者减征水资源税情形。
本题考查资源税。
资源税采用从价定率征收方式的应纳税额的计算公式为：应纳税额=销售额×适用税率。
依据题干数据，该企业应缴纳资源税=200×6%=12（万元）。
因此，本题正确答案为选项D。
本题考查烟叶税。
烟叶税的应纳税额按照纳税人收购烟叶实际支付的价款总额乘以税率计算，价外补贴按烟叶收购价款的10%计入收购金额。
依据题干数据，该烟草公司应纳烟叶税税额=收购金额×20%=50×（1+10%）×20%=11（万元）。
因此，本题正确答案为选项C。
本题考查烟叶税。
【选项A正确】在中华人民共和国境内，依照《中华人民共和国烟草专卖法》规定收购烟叶的单位为烟叶税的纳税人。所以甲卷烟厂为烟叶税的纳税人。
【选项B错误】纳税人应当向烟叶收购地的主管税务机关申报缴纳烟叶税。
【选项C错误】烟叶税的纳税义务发生时间为纳税人收购烟叶的当日，即为4月5日。
【选项D错误】烟叶税的计税依据为纳税人收购烟叶实际支付的价款总额，包括纳税人支付给烟叶生产销售单位和个人的烟叶收购价款和价外补贴，其中，价外补贴统一按烟叶收购价款的10%计算。所以，甲卷烟厂应纳烟叶税税额=90×（1+10%）×20%=19.8（万元）。
因此，本题正确答案为选项A。
本题考查环境保护税。
【选项A错误】纳税人应当向应税污染物排放低的税务机关申报缴纳环境保护税。
【选项B错误】环境保护税按月计算，按季申报缴纳。
【选项D错误】纳税人按次申报缴纳的，应当自纳税义务发生之日起15日内，向税务机关办理纳税申报并缴纳税款。
因此，本题正确答案为选项C。
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