本题考查烟叶税。

烟叶税的应纳税额按照纳税人收购烟叶实际支付的价款总额乘以税率计算，价外补贴按烟叶收购价款的10%计入收购金额。

依据题干数据，该烟草公司应纳烟叶税税额=收购金额×20%=50×（1+10%）×20%=11（万元）。

因此，本题正确答案为选项C。

本题考查资源税。

在中华人民共和国领域和中华人民共和国管辖的其他海域开发应税资源的单位和个人，为资源税的纳税人，应当依照税法规定缴纳资源税。

【选项B错误】水利工程单位为配置或者调度水资源取水的，不缴纳水资源税。

【选项D错误】农村集体经济组织及其成员从本集体经济组织的水塘、水库中取用水的，不缴纳水资源税。

因此，本题正确答案为选项ACE。

本题考查烟叶税。

【选项A正确】在中华人民共和国境内，依照《中华人民共和国烟草专卖法》规定收购烟叶的单位为烟叶税的纳税人。所以甲卷烟厂为烟叶税的纳税人。

【选项B错误】纳税人应当向烟叶收购地的主管税务机关申报缴纳烟叶税。

【选项C错误】烟叶税的纳税义务发生时间为纳税人收购烟叶的当日，即为4月5日。

【选项D错误】烟叶税的计税依据为纳税人收购烟叶实际支付的价款总额，包括纳税人支付给烟叶生产销售单位和个人的烟叶收购价款和价外补贴，其中，价外补贴统一按烟叶收购价款的10%计算。所以，甲卷烟厂应纳烟叶税税额=90×（1+10%）×20%=19.8（万元）。

因此，本题正确答案为选项A。

本题考查环境保护税。

环境保护税的征税范围为应税污染物，即环境保护税税目税额表、应税污染物和当量值表规定的大气污染物【选项C】、水污染物【选项D】、固体废物【选项B】和噪声。

因此，本题正确答案为选项A。