（1）农用拖拉机属于农机，适用9%税率。修理拖拉机属于修理修配劳务，适用13%税率。

（2）6月份应纳增值税＝80×9%＋20÷（1＋13%）×13%－4.8＝4.70（万元）。

选项C，水路运输的光租业务、航空运输的干租业务，属于经营性租赁服务，按“有形动产租赁”征收增值税，适用税率13%；

选项D，水路运输的程租、期租业务，属于水路运输服务，按“交通运输服务”征收增值税，适用税率9%；

选项E，面包店选择简易计税，按照征收率征收增值税。

选项A，个体工商户中的小规模纳税人将购买不足两年的住房对外销售，按照3%的征收率全额缴纳增值税。

选项B，纳税人销售旧货，按照简易办法依照3%征收率减按2%征收增值税。

选项C，一般纳税人提供劳务派遣服务，选择差额纳税，按照一般计税方法，适用6%的税率。

选项D，一般纳税人提供人力资源外包服务，按照一般计税方法，适用6%的税率。

选项A、B、C，均适用9%的增值税税率。