允许扣除取得土地使用权所支付的金额＝6 000＋180＋3＝6 183（万元）。

转让环节缴纳的增值税＝20 000÷80%÷（1＋5%）×5%＝1 190.48（万元），允许扣除的转让环节的税金＝1 190.48×（7%＋3%）＝119.05（万元）。

取得土地使用权所支付的金额为6 183万元。房地产开发成本包括土地征用及拆迁补偿费、前期工程费、建筑安装工程费、基础设施费、公共配套设施费、开发间接费用。房地产开发成本＝125＋3 500＋500＋800＋73＝4 998（万元）。房地产开发费用＝（450－50）＋（6 183＋4 998）×5%＝959.05（万元）。转让环节的税金为119.05万元。其他扣除项目＝（6 183＋4 998）×20%＝2 236.20（万元）。甲公司准予扣除项目金额合计＝6 183＋4 998＋959.05＋119.05＋2 236.20＝14 495.30（万元）。

不含增值税收入＝20 000÷80%－1 190.48＝23 809.52（万元）。增值额＝23 809.52－14 495.30＝9 314.22（万元）。增值率＝9 314.22÷14 495.30×100%＝64.26%，适用税率为40%，速算扣除数为5%。应缴纳土地增值税＝9 314.22×40%－14 495.30×5%＝3 000.92（万元）。