以协议方式出让的，契税的计税依据为土地出让合同确定的成交价格，具体包括土地出让金、土地补偿费、安置补助费、地上附着物和青苗补偿费、拆迁补偿费、市政建设配套费等承受者应支付的货币、实物、无形资产及其他经济利益。甲企业受让土地使用权应缴纳的契税=（10000+2000+5000+1200）×4%=728（万元）。

自然人转让房地产，其转让的房地产坐落地与其居住所在地不一致时，在房地产坐落地的税务机关申报缴纳土地增值税。

个人所有非营业用的房产，免征房产税；对个人按照市场价格出租的居民住房，可暂减按4%的税率征收房产税。李某当年应缴纳房产税=5000×4%×8=1600（元）。

选项C，采取分期付款方式购买房屋附属设施土地使用权、房屋所有权的，应按合同规定的总价款计征契税。