本题考查增值税的税率与征收率。

农机零部件不属于农机的范围，不适用9%的低税率，应按13%的税率征收增值税。

【选项A、B、D错误】杂志、天然气、二甲醚均适用9%的低税率。

因此，本题正确答案为选项C。

本题考查增值税的计税依据。

增值税的计税依据即为销售额，销售额为纳税人发生应税销售行为取得的全部价款和价外费用，但是不包括收取的销项税额。其中，入库前的挑选整理费用属于价外费用。

依据题干数据，采购成本=10 000+500=10 500（元）。

因此，本题正确答案为选项C。

本题考查增值税的征税范围。

【选项A正确】货物期货（包括商品期货和贵金属期货），应当征收增值税。

【选项B正确】银行销售金银的业务，应当征收增值税。

【选项C正确】印刷图书、报纸、杂志，应当征收增值税。

【选项D错误】自然人销售自己使用过的物品，免征增值税。

【选项E正确】专门生产或销售货物（包括烧卤熟制食品在内）的个体工商户及其他个人应当征收增值税。

因此，本题正确答案为选项ABCE。

本题考查增值税的计税依据。 

纳税人采取以旧换新方式销售货物，按新货物的同期销售价格确定销售额，不得扣减旧货收购价格（金银首饰以旧换新除外，应以销售方式实际收取的不含增值税价款征收增值税）。

因此，本题正确答案为选项C。