企业在计算股权转让所得时，不得扣除被投资企业未分配利润等股东留存收益中按该项股权所可能分配的金额。A公司股权转让所得＝5000－6000÷60%×30%＝2000（万元），应缴纳企业所得税＝2000×25%＝500（万元）。

选项C，子女教育专项附加扣除方式为父母可以选择由其中一方按扣除标准的100%扣除，也可以选择由双方分别按扣除标准的50%扣除，具体扣除方式在一个纳税年度内不能变更。

选项B，个体工商户为从业人员缴纳的补充养老保险费、补充医疗保险费，分别在不超过从业人员工资总额5%标准内的部分据实扣除；超过部分，不得扣除。个体工商户业主本人缴纳的补充养老保险费、补充医疗保险费，以当地（地级市）上年度社会平均工资的3倍为计算基数，分别在不超过该计算基数5%标准内的部分据实扣除；超过部分，不得扣除。

选项B，公司职工取得的用于购买企业国有股权的劳动分红，属于“工资、薪金所得”；选项E，属于“经营所得”。