纯生公司2024年年末应当预计由于累积未使用的带薪年休假而导致预期将支付的工资负债，根据纯生公司预计2025年职工的年休假情况，只有60名总部管理人员会使用2024年的未使用带薪年休假2天（8-6），而其他2024年累计未使用的带薪年休假都将失效，所以应计入管理费用的金额=60×（8-6）×400=48000（元）。

养老保险和失业保险不属于短期薪酬，而是属于离职后福利，因此选项B不属于短期薪酬；设定提存计划和设定受益计划属于离职后福利的分类，因此选项D不属于短期薪酬。

选项A，为职工缴纳的养老保险金，通过应付职工薪酬科目核算；

选项B，缴纳代扣的个人所得税，借记“应交税费——应交个人所得税”科目，贷记“银行存款”科目；

选项C，因解除与职工的劳动关系给予的补偿，借记“管理费用”科目，贷记“应付职工薪酬”科目；

选项D，应由在建工程负担的职工薪酬，借记“在建工程”科目，贷记“应付职工薪酬”科目；

选项E，外商投资企业按规定从净利润中提取的职工奖励及福利基金，借记“利润分配——提取的职工奖励及福利基金”科目，贷记“应付职工薪酬”科目；

综上，选项A、C、D、E当选。