选项D，实行定期定额方式缴纳税款的纳税人，可以实行简易申报、简并征期等申报纳税方式。

“多证合一”改革之外的其他组织，如事业单位（选项B）、社会组织（选项D）、境外非政府组织等，应当依法和税务总局规定向税务机关办理税务登记。

在“多证合一”改革之内的，领取加载统一社会信用代码证件的企业（选项A）、农民专业合作社（选项E）、个体工商户（选项C）及其他组织无须单独到税务机关办理该事项，其领取的证件作为税务登记证件使用。

综上所述，选项B、D当选。选项A、C、E不当选。

除企业（选项A、E）、农民专业合作社（选项B）、外国企业常驻代表机构（选项C）外，其他主体税务登记按照原有法律制度执行，即其他机关（编办、民政、司法等）批准设立的主体暂不纳入“五证合一、一照一码”办理范围。

增值税专用发票的作废，符合作废条件是指同时具有下列情形：

（1）收到退回的发票联、抵扣联且时间未超过销售方开票的当月；（选项A）

（2）销售方未抄税并且未记账；（选项B）

（3）购买方未认证，或者认证结果为“纳税人识别号认证不符”、“增值税专用发票代码、号码认证不符”。（选项E）

综上所述，选项A、B、E属于增值税专用发票的作废条件，当选。选项C、D不属于增值税专用发票的作废条件，不当选。