纳税人在办理注销登记前，应当向税务机关结清应纳税款（选项C）、滞纳金（选项B）、罚款（选项A）、缴销发票、税务登记证件和其他税务证件。

纳税人在首次申请领用发票时，办理的主要涉税事项包括发票票种核定（选项A）、增值税专用发票（增值税税控系统）最高开票限额审批（选项B）、增值税税控系统专用设备初始发行（选项C）、发票领用（选项D）等涉税事项。选项E，属于后续申领发票办理的涉税事项。

选项A，开具发票的单位和个人应当按照国家有关规定存放和保管发票，不得擅自损毁。已经开具的发票存根联，应当保存5年。