纳税人提供国内交通运输服务，适用税率为9%；纳税人提供货物保管、装卸搬运服务，属于物流辅助服务，适用税率为6%；国际运输服务适用零税率。

选项A，货物保管收入的销项税额＝55.12÷（1＋6%）×6%＝3.12（万元）。

选项B，装卸搬运收入的销项税额＝93.28÷（1＋6%）×6%＝5.28（万元）。

选项C，国内运输收入的销项税额＝1035.5÷（1＋9%）×9%＝85.5（万元）。

选项D，国际运输收入的销项税额＝0。

（1）列明员工身份信息的国内公路客票允许抵扣的进项税额＝2000÷（1＋3%）×3%＝58.25（元）。

（2）北京到成都的航空电子客票行程单允许抵扣的进项税额288元。

（3）北京到香港的机票属于国际运输服务，适用零税率，不允许抵扣进项税额。

（4）住宿费允许抵扣进项税额＝1000×6%＝60（元）。

（5）餐费不允许抵扣进项税额。

（6）当月甲公司允许抵扣的进项税额＝58.25＋288＋60＝406.25（元）。

选项A、D，购进货物用于简易计税、免税、集体福利、个人消费（含交际应酬消费），进项税额不可以抵扣。

选项B，购进货物用于对外投资属于增值税应税交易，进项税额可以抵扣。

选项C，发生正常损失，进项税额可以抵扣；发生非正常损失，进项税额不可以抵扣。