因自然灾害损毁的外购原材料属于不可抗力（非纳税人自身原因）造成的正常损失，对应的进项税额可以从销项税额中抵扣，选项A当选。适用简易计税方法计税项目对应的进项税额不得从销项税额中抵扣，选项B不当选。购进并用于集体福利或者个人消费的货物、服务、无形资产、不动产对应的进项税额不得从销项税额中抵扣，选项C、D不当选。

3 岁以下婴幼儿照护，为婴幼儿出生的当月至年满 3 周岁的前 1 个月，选项 A 不当选。子女教育学前教育阶段，为子女年满 3 周岁当月至小学入学前 1 个月，选项 B 不当选。大病医疗，为医疗保障信息系统记录的医药费用实际支出的当年，选项 C 不当选。

税务机关核定纳税人的应纳税额的方法有：（1）参照当地同类行业或者类似行业中，经营规模和收入水平相近的纳税人的税负水平核定（选项A当选）。（2）按照营业收入或成本加合理的费用和利润的方法核定（选项B不当选，选项D当选）。（3）按照耗用的原材料、燃料、动力等推算或者测算核定（选项C不当选）。（4）按照其他合理的方法核定。