因自然灾害损毁的外购原材料属于不可抗力（非纳税人自身原因）造成的正常损失，对应的进项税额可以从销项税额中抵扣，选项A当选。适用简易计税方法计税项目对应的进项税额不得从销项税额中抵扣，选项B不当选。购进并用于集体福利或者个人消费的货物、服务、无形资产、不动产对应的进项税额不得从销项税额中抵扣，选项C、D不当选。

在较低税负下，甲企业应选择享受小型微利企业税收优惠政策，即减按 25% 计算应纳税所得额，按 20% 的税率缴纳企业所得税。甲企业 2025 年一季度应预缴的企业所得税税额 =100×25%×20%=5（万元）。

进出口货物放行后，海关发现少征税款的，应当自缴纳税款之日起 3 年内，向纳税人、扣缴义务人补征税款，选项 B 当选。