因自然灾害损毁的外购原材料属于不可抗力（非纳税人自身原因）造成的正常损失，对应的进项税额可以从销项税额中抵扣，选项A当选。适用简易计税方法计税项目对应的进项税额不得从销项税额中抵扣，选项B不当选。购进并用于集体福利或者个人消费的货物、服务、无形资产、不动产对应的进项税额不得从销项税额中抵扣，选项C、D不当选。

受托方没有同类消费品市场价格的，按组成计税价格计算应代收代缴的消费税，按受托方所在地适用税率计算应代收代缴的城市维护建设税。应代收代缴的消费税=（40000+20000）÷（1-36%）×36%=33750（元），应代收代缴的城市维护建设税=33750×5%=1687.50（元）。

进出口货物放行后，海关发现少征税款的，应当自缴纳税款之日起 3 年内，向纳税人、扣缴义务人补征税款，选项 B 当选。