本题考查增值税的计税依据。

增值税的计税依据中不包括：

（1）受托加工应征消费税的消费品所代收代缴的消费税；

（2）同时符合相关条件的代垫运输费用；

（3）同时符合相关条件代为收取的政府性基金或者行政事业性收费；

（4）销售货物的同时代办保险等而向购买方收取的保险费，以及向购买方收取的代购买方缴纳的车辆购置税、车辆牌照费。

因此，本题正确答案为选项D。

本题考查税收制度。

速算扣除数法的基本原理是先按全额累进方法确定该征税数额的税率，并计算出一个税额，然后减去相应的速算扣除数，结果即为按超额累进税率方法计算的税额，即超额累进税率计算的税额＝全额累进税率计算的税额－速算扣除数。

依据题干数据，速算扣除数＝全额累进税率计算的税额－超额累进税率计算的税额＝3 520－1 000=2 520。

因此，本题正确答案为选项D。

本题考查教育、科学技术和医疗卫生支出。

根据马克思关于生产劳动和非生产劳动的科学划分，教育、科学技术和医疗卫生支出仍应归入非生产性的范围。

因此，本题正确答案为选项D。

本题考查增值税应纳税额的计算。

除《中华人民共和国增值税暂行条例实施细则》第二十九条（即年应税销售额超过小规模纳税人标准的其他个人按小规模纳税人纳税的；非企业性单位、不经常发生应税行为的企业选择按小规模纳税人纳税的）规定外，纳税人销售额超过小规模纳税人标准，应当办理一般纳税人资格登记而未办理的，应按销售额和增值税税率计算应纳税额，不得抵扣进项税额，也不得使用增值税专用发票。餐饮服务属于生活服务，适用增值税税率6%。

依据题干数据，该纳税人应缴纳的增值税＝109.18÷（1＋6%）×6%＝6.18（万元）。

因此，本题正确答案为选项D。