选项A，审计合同不属于印花税的征税范围；选项B，应按照产权转移书据缴纳印花税；选项C，军事物资运输凭证免征印花税；选项D，农业保险合同免税。

直接从事研发活动人员的工资薪金等加计扣除；用于研发活动的仪器折旧可以加计扣除，但是研发大楼不属于研发用仪器设备。选项E，不属于研发活动相关直接费用。选项A、B、E不当选。

选项C，以货币形式用于我国境内的公益、救济性质的捐赠、滞纳金、罚款，以及为其总机构垫付的不属于其自身业务活动所发生的费用，不应作为代表机构的经费支出额；选项D，购置固定资产所发生的支出，以及代表机构设立时或者搬迁等原因所发生的装修费支出，应在发生时一次性作为经费支出额换算收入计税。

选项A，公共租赁住房和保障性住房建设用地，免征城镇土地使用税。

选项B，宗教寺庙、公园、名胜古迹自用的房产免征房产税，其中宗教寺庙自用的房产，是指举行宗教仪式等的房屋和宗教人员使用的生活用房；公园、名胜古迹自用的房产，是指供公共参观游览的房屋及其管理单位的办公用房。

选项C，国家机关、人民团体、军队自用的办公用房和公务用房免征房产税。

选项D，享受免税的开山填海整治土地指自行开山填海整治土地和改造的废弃土地，不包括通过出让、转让划拨等方式取得。选项E，农副产品加工厂占地包括办公用地，不在免税之列。